İçişleri Bakanlığı, "Ya Kanal Ya İstanbul" afişleriyle "uluslararası hukuk boyutu bulunan, siyasi alana taalluk eden ve 'Devletin Egemenlik Yetkisi'ne ilişkin bulunan bir konuya kamu kaynağı kullanılarak karşı çıkıldığı" gerekçesiyle İstanbul Büyükşehir Belediyesi Başkanı İmamoğlu hakkında inceleme başlatmıştı. İçişleri Bakanlığı ön inceleme yapılması amacıyla Mülkiye Müfettişi görevlendirmişti.

Konuyla ilgili olarak İçişleri Bakanlığı'ndan  kamuoyunda dolaşan bilgilere açıklık getirilmesi amacıyla yapılan açıklamada, "Onayın hiçbir yerinde Kanal İstanbul Projesi'ne, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı'nın kişisel olarak karşı çıkması sorgulanmamış, kurumsal olarak ve kamu kaynağı kullanılarak bu afişlerin bastırılmış olması araştırma/ön incelemeye dahil edilmiştir. İddia edildiği gibi onayın hiçbir yerinde bölücülük suçlaması da bulunmamaktadır" denildi.

İmamoğlu, İçişleri Bakanlığı'nın açıklaması hakkında sorulan soruya, "Hukukçularımız süreci çalışıyor, inceliyor. Şimdilik bir şey söylemeyeceğim" yanıtını verdi

Konuyla ilgili olarak, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Ekrem İmamoğlu'nun yazılı ifadesini mülkiye müfettişine verdiği bilgisine ulaşıldı. Ekrem İmamoğlu'nun yasal süreye göre ifadesi vermesi için süre yarın doluyor, ancak Ekrem İmamoğlu bugün İçişleri Bakanlığı müfettişlerine yazılı ifadesini gönderdi.

Gazeteci Barış Yarkadaş, İBB Başkanı Ekrem İmamoğlu'nun bugün İçişleri Bakanlığı'na verdiği yazılı ifadeyi açıkladı. 

 Ekrem İmamoğlu yazılı savunması: 

5993 sayısı Belediye Kanunu'nun kendisine verdiği yetkileri hatırlatıyor. "5993 sayısı kanunun 38. maddesinin A bendine göre benim görevim belediye halkının huzur, esenlik, sağlık ve mutluluğu için önlem almaktır. Kanal İstanbul bir devlet değil, hükümet politikasıdır. Devletin değil AKP'nin politikasıdır" diyerek başlıyor ve "Aynı kanunun 14. maddesinde belediye kültür ve tabiat varlıkları ile tarihi dokunun önem taşıyan mekanlarını ve işlevlerini korur 

Ben 20 Aralık 2019 tarihinde İBB Başkanı olarak Kanal İstanbul protokolünden çekildim. Belediye olarak bundan çekildik. İdare olarak siz bugüne kadar buna itiraz etmediniz. Bu protokolü bozmamızı mahkemeye götürmediniz! Herhangi bir itirazınız olmadığı için de bu kesinleşmiştir.

Bu protokolden çekilmekle kalmadım. Aynı zamanda Kanal İstanbul projesinin durdurulması için gittim dava da açtım."

Hukuk devleti ilkelerinden biri de belirliliktir. İdarenin tek yanlı işlem yapma üstünlüğüne karşı Anayasamız bireylere bilgi edinme, dinlenilme ve savunma hakkı vermiştir. Ben de bu doğrultuda Kanal İstanbul'un çevreye, doğaya, kente zarar vereceğini... Sadece İstanbul'u değil, bütün Türkiye'yi etkileyeceğini düşündüğüm için. Halkı bilgilendirme görevimi yerine getirdim. Benim bu bilgilendirme görevim Anayasa ile güvence altına alınmıştır.

Biz İstanbul Büyükşehir Belediyesi olarak bir anket düzenledik. Bu ankete 606 bin 317 kişi katıldı. Ankete katılanların yüzde 64.2'si bu projeye karşı çıktı. O yüzden bu ortaya konulan projenin bir devlet projesi değil, hükümet projesi olduğuna inanıyorum. Devlet politikası örneğin; Başka bir ülkenin içişlerine karışmamaktır. Biz milli güvenliğe aykırı bir tutum içine girersek. Bu devletin egemenlik yetkisine halel getirir. Ama Kanal İstanbul bu kapsamda değil. Zaten bu proje AKP'nin 2023  seçim vaatlerinin arasındadır, çılgın proje olarak tanımlanmıştır. Hükümetin bir partinin seçim vaadidir. O yüzden bu soruşturmanın doğru olmadığını ve üzerime atfedilen suçları işlemedim"